Nel giugno 1943 il terrore ripiombò sul ghetto di Vilna, le Aktionen ripresero sempre più frequentemente. Il 21 giugno 1943 Himmler aveva ordinato la liquidazione di tutti i ghetti orientali, l'invio degli abili al lavoro nei campi di concentramento e l'uccisione sul posto di tutti gli altri. Nel Ghetto quella parte di ebrei che riteneva segnata da tempo la sorte della comunità di Vilna si era organizzata militarmente formando un movimento di resistenza: la FPO (Fareynegte Partizaner Organizatsye). Gens aveva tollerato questo gruppo ma - quando i tedeschi ripresero le loro operazioni di massacro - i rapporti mutarono. Gens era ancora convinto che il ghetto sarebbe sopravvissuto e vedeva nella introduzione di armi , nel mantenimento di contatti con i partigiani delle foreste un pericolo per tutti. La crisi tra Gens e l'FPO si ebbe a metà luglio del 1943. Il comandante dell'FPO Yitzhak Wittenberg oltre a capitanare i resistenti ebrei del Ghetto faceva parte di una cellula ebrea comunista che operava nei boschi. Tra i comunisti e l'FPO vi era una diversa visione del modo di resistere. I comunisti volevano che l'FPO si rifugiasse nei boschi e combattesse all'esterno del ghetto, l'FPO invece voleva prepararsi a resistere all'interno del Ghetto. I tedeschi nel giugno 1943 catturarono alcuni membri non ebrei della cellula comunista di Wittenberg e vennero a sapere della sua appartenenza al gruppo. Pur ignorando che Wittenberg fosse anche il capo dell'FPO chiesero a Gens che lo consegnasse. Gens convinse Wittenberg a costituirsi. Le Aktionen ripresero con ancora più forza secondo gli ordini di Himmler. I tedeschi avevano deciso di liquidare definitivamente il Ghetto di Vilna. Jacob Gens non serviva più: il 14 settembre venne convocato presso gli uffici della Gestapo e qui ucciso. Il Ghetto di fatto non aveva più leader. Tra il 23 ed il 24 settembre venne ordinato a tutti gli abitanti del ghetto di abbandonare le loro abitazioni e di prepararsi a partire per campi di lavoro in Estonia. A parte pochi che rimasero nascosti, tutti gli ebrei si presentarono nel cortile dello Judenrat. I più forti e giovani vennero spediti in Estonia, le donne ritenute abili al lavoro in Lettonia, i troppo giovani o troppo anziani vennero condotti nella foresta di Ponary e massacrati. Un piccolo numero di ebrei rimase nel vicino campo di lavoro di Kailis. Nel marzo 1944 l'avanzata delle truppe sovietiche non trovava efficace resistenza e la caduta di Vilna apparve ai tedeschi imminente. Con la scusa di sottoporre i bambini del campo di Kailis a visite mediche i tedeschi li sottrassero ai loro genitori e li massacrarono nel bosco di Ponary. Il 2 luglio 1944 i sopravvissuti del campo di Kailis vennero a loro volta condotti a Ponary e massacrati. Duecento che si erano nascosti vennero scovati ed uccisi a loro volta sul posto: i russi avanzavano e non c'era tempo di portarli a Ponary. L'11 luglio i sovietici entrarono a Vilna.